大運河流經(jīng)地域廣，遺產(chǎn)構(gòu)成復雜，涉及部門眾多，保護管理協(xié)調(diào)難度很大。作為中國境內(nèi)兩條巨型線性遺產(chǎn)，長城有長城法，卻缺少大運河法，這部法律，應該至少是國務院層面上出臺的法規(guī)，只有這樣，才能為大運河遺產(chǎn)的保護、管理工作提供強有力的法制保障。

大運河申遺成功后需要一個專門機構(gòu)負責大運河遺產(chǎn)的長效保護管理，建議將“大運河聯(lián)合申報世界文化遺產(chǎn)辦公室”改名為“中國大運河遺產(chǎn)保護管理辦公室”，職能調(diào)整為組織中國大運河遺產(chǎn)的保護管理、監(jiān)測督查、宣傳研究等，承擔起運河全線遺產(chǎn)保護管理職能。

大運河遺產(chǎn)利用要提倡政府主導的市場化運作。可借鑒杭州經(jīng)驗，杭州為加強對運河的綜合保護和利用，專門成立了市京杭運河（杭州段）綜合保護委員會，與市運河（杭州段）綜合整治與保護開發(fā)領導小組辦公室合署辦公。成立了市屬國有獨資公司杭州市運河集團，與市運河綜合保護委員會“兩塊牌子一套班子”。杭州市政府按照“堅持標準、自求平衡”原則和“市場化籌資、多元化投入”思路，取得了環(huán)境、文化、旅游、遺產(chǎn)保護的共贏。