1993年起劉貫文就不再參加三晉文化研究會的活動，但直到1999年，徐繼畬文物仍然被其擁有。1999年11月11日，三晉文化研究會副秘書長劉在文在接受法官張純調查時提到，徐繼畬文物是“劉貫文主管，名義上是捐給三晉文化研究會的”。

　　1999年11月11日下午，在劉貫文在家中向辦案法官張純承認，徐繼畬文物很多的確在他手里，不過是做研究之用，“我手中保管的東西，是為三晉文化研究會保管。”

　　此外，接受法官調查時，徐繼畬文物的一部分由山西省社科院干部崔正森保管。崔正森此前是三晉文化研究會學術部的人，但此時學術部已經不存在了。

　　官司

　　文物捐贈后，戶口卻始終沒有解決。如今已50歲的徐進偉依然是農民。

　　當時三晉文化研究會學術部的崔正森曾到徐進偉所在的五臺縣，想讓當地幫忙辦理戶口。五臺縣對徐繼畬文物流出當地非常不滿。時任五臺縣委書記周新玉所寫的證明材料提到，五臺縣時任副縣長張云樓對崔正森說，“你不經過縣政府，就私自拉走徐家文物，是違法的。你再說，我讓公安局和你談話。”

　　徐家于2000年將三晉文化研究會告上法庭，請求法院判決捐贈行為無效，想索回家里捐贈的文物。徐繼畬文物捐贈案歷經太原市迎澤區法院、太原市中級法院、山西省高級法院審判。太原市中級法院駁回訴訟請求，山西省高級法院維持原判。這樣，徐進偉處于一種既沒有得到城市戶口，又失去徐繼畬文物的狀態。

　　但在案件偵辦過程中，關于本次捐贈的另一個問題浮現出來：部分文物已經遺失。

　　在太原市中院審案中，對于這批后來找不到的文物，三晉文化研究會當時答復稱，具體保管人外出未能見到。

　　2000年，國家文物局答復太原市中院的函件提到，三晉文化研究會應集中保管徐繼畬有關文物資料，或交由具有保管能力的山西省博物館管理。

　　2001年1月19日，徐繼畬文物原來的保管者三晉文化研究會將文物移交給了山西省博物館。正是在移交過程中，一個嚴重的問題暴露出來：其中28件文物下落不明，包括《乾隆四十二年誥封徐繼畬曾祖父母圣旨》。

　　徐繼畬文物此前保管的混亂狀態方被社會廣泛關注。

　　2001年2月21日，三晉文化研究會副秘書長雷忠勤在山西省高院庭審時做了《徐繼畬文物資料存放的現狀》說明。該說明稱，“還有25件資料，由于某種特定的暫時性原因，至今仍在繼續整理中。我本人就參與了這一清理活動。”但該說明沒有指出清理活動到底是什么，而是較模糊地提到，“把這一清理工作進行到底，包括必要時采用其他一切合法的手段和形式進行清理。”

　　2001年5月16日，山西省高院書面通知三晉文化研究會，要求限期將徐繼畬的28件文物資料全部移交給山西省博物館，否則將依法承擔法律后果。

　　2001年5月31日，三晉文化研究會給時任山西省政法委書記杜玉林的報告中稱，“其余文物資料，由于歷時已久，其間學術部也有過人員變動，劉貫文早已退休，年事已高，且健康狀況不佳，記憶衰退，雖經查找小組努力查找，至今未能如數找到原件。”

　　劉貫文于2007年去世。