根據張堯學發來的聲明，透明桌面項目組在研發過程中遵循開源代碼重用協議GPL V2，使用了部分開源代碼，“這是一種合法的使用，也是軟件行業公認的一種合理使用，不是‘抄襲’，更非‘盜用’”。聲明稱，目前透明桌面系統仍在研發之中，項目組承諾將繼續遵循開源代碼重用協議，會有步驟有計劃地開放項目源代碼。

　　聲明還表示，目前網絡上出現的“抄襲”、“盜用”、“剽竊”等指責嚴重缺乏事實依據，已對項目組造成了極大傷害，產生了惡劣的影響，項目組成員保留依法予以追訴的權利。

　　張堯學并未參與透明桌面研究

　　昨晚，“透明桌面”項目組召開新聞發布會，對目前的“抄襲”指責進行回應。

　　該項目組負責人黃斌解釋，“透明桌面”只是一個應用原型，是從2013年才開始做的，并沒有報獎最高科技獎，而張堯學報獎的內容是他此前在清華所做的理論研究。張堯學本人并沒有參與透明桌面的研究。

　　黃斌說，因為張堯學報獎的是理論成果，而不是完全已經實現的應用，因此申請的是國家自然科學獎，而不是技術進步獎。

　　黃斌解釋，其操作符合目前軟件行業開源代碼的使用規范，“GPL協議指的是開源代碼有一個公約，很多做軟件的把代碼開放出去，讓別人能用，但是要有聲明，要遵照重用協議。”他說，其項目采納了GPL開源代碼程序的一部分，是可以合理合法使用的，而目前因為還在原型開發過程中，尚未開放源代碼，但之后一定會遵守重用協議，有計劃地開放源代碼。

　　“所謂的盜用，抄襲，就是某些商業機構用各種手段把代碼拿到，不經許可，這才是盜用，我們是以完全合理合法的方式在使用源代碼。”黃斌說，“這種指責已經給我們項目組帶來了很大的傷害。”

　　對于目前業內對張堯學及其理論研究在獲獎價值上的質疑，黃斌說，這由國家自然科學獎的評委判定，自己不好評說。

　　“抄襲”事件回放

　　2月2日 KraneSun

　　發帖稱，中國工程院院士、清華大學教授、中南大學校長張堯學獲得2014年度國家自然科學一等獎的項目實為“遠程桌面項目”(Remote-desktop-client)，涉嫌抄襲國外IT工程師lordan iordanov上傳的開源代碼軟件。

　　2月2日 lordan iordanov

　　發表聲明：諸位，我想說我太、太、太感謝你們發現、跟蹤、傳播，并讓我知道此事，不論情況如何，我的項目得到如此負有盛名的獎項，這是個巨大的榮譽……項目完全由本人業余時間完成。

　　2月2日 方舟子

　　在其個人網站及自媒體客戶端發帖稱，張堯學團隊的“透明計算機桌面系統”的客戶“盜用了開源軟件”。同時，方舟子也貼出了該開源代碼原開發者lordan iordanov的英文聲明。

　　2月3日 張堯學

　　回應稱，展示的視頻是“透明桌面系統”，我獲獎的項目是“網絡計算的模式及基礎理論研究”，獲獎的研究跟展示的應用沒有關系，展示的應用是為了讓大家能看懂。透明桌面項目組在研發過程中使用了部分開源代碼，這是一種合法的使用，也是軟件行業公認的一種合理使用，不是“抄襲”，更非“盜用”。