石峁遺址是近年來我國的重大考古發現之一，對進一步研究中華文明的起源，傳承優秀傳統文化，增強文化自信，具有重大意義。

草案修改稿規定，任何單位和個人都有保護石峁遺址的義務，對破壞遺址的行為有權勸阻、舉報。從事考古發掘的單位，應當經國務院文物行政部門批準。考古發掘的文物，應該登記造冊、妥善保管。任何單位和個人不得私自發掘。

草案修改稿明確，石峁遺址保護范圍內禁止下列行為：未經批準擅自新建、改建、擴建建筑物、構筑物，擅自進行爆破、鉆探、挖掘等作業，違反此規定造成嚴重后果的處5萬元以上50萬元以下罰款。發現文物后藏匿不報或者拒不上交的可處5000元~50000元罰款;采砂、采石、取土可處5萬元以上50萬元以下罰款。開荒、放牧、圈建墳地、深翻耕地、種植危害遺址文物安全的植物的，可處200元~1000元的罰款。

在建設控制地帶內禁止開山采石、取土等破壞山體環境的行為，禁止建設歪曲遺址歷史的各類人造景觀、景點等，違反者可處5萬元以上50萬元以下罰款。

進行建設工程的，建筑布局和形式應當與遺址環境風貌相協調，建筑高度不得超過9米。任何單位和個人不得擅自移動或者損壞保護標志和界樁。征收農民集體所有的土地，應當依法給予補償。石峁遺址保護范圍內禁止新批宅基地。

草案修改稿規定，榆林市、神木市政府可以依托石峁遺址依法建立石峁國家考古遺址公園和石峁遺址博物館等，科學合理地展示遺址背景環境、遺址及其所屬文物，形成具有科研、教育、游憩、保護、收藏、交流、宣傳等功能的公共空間。建設應當堅持保護為主、傳播文化、促進民生的原則。

石峁遺址的展示利用，應當堅持最小干預和科學利用，防止和減少對遺址及歷史風貌、自然環境造成破壞和影響。鼓勵當地居民從事與石峁遺址有關的旅游服務、文博創意產業。