據(jù)臺灣《聯(lián)合晚報(bào)》5日報(bào)道，“立法院”預(yù)算中心2017年度海基會預(yù)算評估報(bào)告稱，海基會人事費(fèi)編列近1.4億元，平均每名員工年人事費(fèi)達(dá)120.6萬元，部分單位主管待遇高于部會的“政務(wù)次長”。報(bào)告說，海基會員工有114人，他們無需通過考試進(jìn)入，不受公務(wù)體系相關(guān)限制，應(yīng)考慮檢討薪資基準(zhǔn)的合理性。

對此，親民黨“立委”陳怡潔稱，海基會薪水過高問題一直為人詬病，過去它在兩岸關(guān)系上有重要功能，現(xiàn)在幾近停擺，董事長田弘茂自己都說“兩岸關(guān)系要死不活”。民進(jìn)黨“立委”莊瑞雄則稱，陸委會和海基會性質(zhì)特殊，在大陸“干擾”下業(yè)務(wù)僵住了，不能說是海基會的問題，不好從薪水上苛責(zé)。《聯(lián)合晚報(bào)》稱，海基會為臺灣當(dāng)局捐助成立的財(cái)團(tuán)法人，當(dāng)局補(bǔ)助款占其年度總收入約七成。

海基會長期被認(rèn)為是島內(nèi)“肥貓機(jī)關(guān)”。2014年，海基會人均月薪11.35萬元，時(shí)任董事長林中森月薪24萬多元，而他的長官、時(shí)任陸委會主委王郁琦只有19萬元。林中森當(dāng)時(shí)回應(yīng)稱，其他官員有信義官邸，而他沒有宿舍，需要租房子。