【擾民不止：危險、污染、昂貴】

除了駐日美軍屢屢卷進罪案之外，美軍基地給當地居民的生活帶來影響，也導致不滿情緒的持續醞釀。美軍飛機頻發墜機事故，包括2004年一架運輸機在沖繩國際大學墜毀，引發安全擔憂。此外，由于普天間基地位于市中心，軍機造成的噪音和空氣污染，也成為重大問題。

在1996年達成遷址的共識后，日美雙方就具體方案進行了漫長的協商。2006年，雙方同意將基地遷移至名護市邊野古沿岸地區，成為“邊野古基地”，所有費用由日本政府負擔。美方則同意把占約近半數的8000名陸戰隊員移駐關島。

然而，在成為替補地點的名護市邊野古沿岸，當地居民也對美軍基地持不歡迎的態度，認為填海造陸工程會破壞大海和珊瑚礁。同時一旦發生戰爭，沖繩將首當其沖。日本國會沖繩選區眾議員照屋寬德稱，從日美政府的所作所為看，“沖繩被其視作了軍事殖民地”。

2015年10月，沖繩縣知事翁長雄志取消了對在當地填海造陸的許可。翁長甚至在聯合國人權理事會發表演說，力陳駐日美軍基地逾七成設在沖繩的情形“不顧人權”。

此外，美軍基地也是一個沉重的經濟負擔。今年1月，日本外相岸田文雄與美國駐日大使卡羅琳?肯尼迪就日方負擔的駐日美軍經費(又稱“溫馨預算”)簽署新的特別協定，核心內容是2016年度起五年內增加預算總額，今后5年總額預計約達9465億日元。