抗戰全面爆發后，熊十力先回原籍黃岡，繼則避難四川，任教于馬一浮主持的樂山復性書院。此時的熊十力，雖身處后方，卻痛感外侮日迫，族類益危，常因想起淪陷區同胞之苦辱而禁不住失聲痛哭。

1943年，熊十力移居梁漱溟在重慶北碚的勉仁書院。值此民族危亡之秋，熊十力將其滿腔真情都傾注在中華文化的存亡絕續之上。

熊十力痛恨蔣介石，他講課時，經常講著講著就跑了題，大罵蔣介石不做抵抗，導致東北失陷，誤國誤民。蔣介石在國民黨當權，他非常氣憤，還曾把寫有蔣介石字樣的報紙撕下來塞到自己的褲襠里面。

抗戰勝利后，在川中避居著書授徒多年的熊十力返回了湖北老家，路過漢口時借住朋友家中。此時蔣介石為了封住熊十力的口，便差人去請，想請熊十力為國民黨出出主意幫幫忙。熊十力一聽便大聲斥責說：“要我去看他，他是什么東西?不去!”

蔣介石知道熊十力一生最大的愿望就是辦個哲學研究所，就讓人打電話給湖北省主席萬耀煌，讓萬耀煌收買熊十力，“幫他成立哲學研究所”。誰知熊十力得知此事之后，卻并不領情，并毅然道：“我熊某對抗戰無寸功，愧不敢當。”不僅拒絕了這筆錢，還不去見蔣介石。蔣介石得知后，只好不提這事了。