當前，種子管理法律體系還不完善，執法體制存在一些亂象。新修訂的種子法內容雖較全，但很多屬于原則性條款，具體規范有待對應的行政法規、部門及地方性規章進行補充。

特別是在涉及種子的法律中，存在新上位法和舊下位法內容沖突現象，如種子法和《中華人民共和國植物新品種保護條例》都對假冒授權品種行為處罰作了規定，但在處罰力度上不一致。對種質資源出口管制措施過于嚴格，一定程度上也限制了國內種子企業做大做強。國內大型種業公司一方面享受國家“走出去”政策優惠，另一方面在目標國投資設廠時遭遇嚴苛的對外投資審批“攔路虎”。此外，涉及種子執法工作的部門規章和地方性規章相對繁多，執法工作卻主要由農業農村部統籌管轄，基層區縣在種子執法、管理機構設置上存在較多問題，造成執法工作多頭管理、職責混亂，缺少部門間協調和監督制約，不利于形成種子市場“大治理”格局。對此，建議：

一是盡快制修訂相關制度，明確基因編輯管理制度，搶占種業科技制高點。二是全面對接國際植物新品種保護公約1991年文本，建立實質性派生品種制度，盡快出臺新版《中華人民共和國植物新品種保護條例》。三是在法律制修訂過程中，注意加強部門協作，爭取制定多部門聯合出臺的制度規定，制定警告、公開約談等梯度化的處罰措施，提高罰則的可執行性。