當前，醫防協同一些現實問題亟待解決：一是醫療機構公共衛生職能薄弱。二是醫防協同聯動弱、效能低。三是監督管理約束性不強。為此建議：

一是強化醫療機構公共衛生工作。探索綜合醫院托管傳染病專科醫院或建立專科聯盟模式，構建“大綜合大專科”傳染病救治體系。強化發熱門診和呼吸、重癥、感染、檢驗等學科或專科建設。在公立醫療機構成立公共衛生委員會，制訂醫院公共衛生職責清單，完善管理制度體系和考核獎懲機制，強化院內醫防聯動。

二是推進醫防協同深度融合。建立疾控機構和醫療機構人員交叉培訓機制，培養醫防結合復合型人才。搭建醫、防、研互動交流平臺，定期交流、研判公共衛生工作形勢。推進緊密型醫共體建設，下沉優質醫療資源，推動縣級疾控機構參與縣域醫共體建設，疾控人員進入家庭醫生團隊，為居民提供防、診、控、治、康（復）等一體化、連續化服務。

三是完善醫防監督制約機制。將醫療機構履行公共衛生職責納入等級評審和績效考核體系，建立常態化督導考核機制。整合疾控中心和公共衛生監督執法機構職責，實現技術監督和行政執法有機結合，提升監督執法效能。