檢方認為，高嘉駿獨自在戰情室演練導彈發射操作，并按鈕發射導彈，涉嫌業務過失致死、業務過失傷害及過失毀壞武器罪，士官長陳銘修讓高獨自在戰情室操作，兵器長許博為未依規定一次發給5支火線，都涉嫌廢弛職務罪，艦長林伯澤無過失。

檢方起訴表示，金江艦今年7月1日上午在左營軍港，準備執行年度“甲操”測驗，導彈中士高嘉駿與射控士官長陳銘修到艦上戰情室，演練雄三導彈飛射程序，陳銘修暫時離開之際，高嘉駿仍自行練習，結果誤射導彈到澎湖海域擊中翔利升漁船，造成船長黃文忠死亡、3名船員受傷。

檢方接獲報告后，立即指揮憲兵約談金江艦長林伯澤、兵器長許博為、射控士官長陳銘修及導彈中士高嘉駿，為避免外界質疑，并指揮警方鑒識人員到金江艦及翔利升漁船上仔細采證，深入調查各項疑點。

檢方為厘清疑點，與金江艦同為錦江級軍艦、負責導彈發射的相關軍士官，幾乎全數傳來作證，甚至連研發的“中科院”相關人員，檢方也詳細詢問有關發射細節；檢方發現，各軍艦發射導彈的操作規定并不完全相同，甚至與“中科院”的原始手冊也有出入，可能因艦上師徒制傳承誤差所致。