電視劇《女醫明妃傳》中幾乎每集都會出現大量中醫藥方或者食物療法，這些是否能真正運用在實際生活中引發了觀眾好奇。不過，電視劇每集開頭都有兩行字提醒：“本劇中所有中醫食療、醫藥方劑，為戲劇情景所需，請勿嘗試模仿”。南京中醫藥大學教授、主任中醫師潘立群在接受采訪時表示，劇中出現的土方因人而異，切勿沉迷于劇情盲目效仿。

《女醫明妃傳》第一集開始，女主角譚允賢就代言了鐵皮石斛，稱其為救命“仙草”，并且，用針灸十宣放血法治療中風急癥。作為一部中醫題材古裝劇，片中幾乎每集都有類似中醫知識在實際生活中的運用，還不乏民間土方，比如用鍋底灰、香灰止血；燕子窩和油治療膿瘡；在監獄中，一位醫婆教譚允賢用指甲、鳥糞、蚯蚓混在一起為病人解毒平喘；在藥材不足的情況下，譚允賢用雞糞、地漿水、扁豆混在一起救了霍亂病人。

劇中的這些偏方土法播出后受到了中醫專家的質疑。潘立群教授提醒觀眾：“片中土方子切不可盲目效仿，比如以燕子窩和油治療惡瘡這種方法比較原始，秦漢時期用得比較多，在政治、經濟、農業、數學、藥學發展已經接近資本主義社會的明代，正常情況下不會出現此類落后無知的治病方法。”

編劇張巍接受采訪時表示，“我們的醫案都是有出處的，出自明朝以前的一些醫學著作。在播出前我們也給浙江的一些醫學專家審過，沒被提出什么問題。”雖然對劇中的醫理有自信，但張巍也表示，不建議大家對著電視劇學習中醫：“我個人來說，絕對不推崇在電視劇里尋找一些治病的方子，然后在生活中模仿，我們不肩負在電視劇里給別人治病的責任。我們劇中頭三集就有問診不清鬧出人命的情節，那些看了方子就實踐都是瞎來，但這并不代表我們的方子是胡編的、不可考的。”比如香灰止血是治療輕微皮外傷的古代療法，但現在來模仿就不合適了，小傷口用創可貼已經非常好，既衛生、又方便。

除了講述女子不得從醫的禮教傳統以及展現中醫知識之外，《女醫明妃傳》中還出現了神秘的“祝由術”。譚允賢大難不死被一戲班子所救，戲班子中的道士用畫符咒語的方式為百姓“治病”，開始，這種“迷信”方法受到譚允賢的質疑，而后，了解到這是已經在太醫院失傳的“祝由術”后，譚允賢也由衷佩服，并以此為皇太后治病取得奇效。祝由術到底是怎么回事呢？迷信的咒語畫符果然符合醫理嗎？潘立群介紹，“祝由術”可以看作中醫中最古老的精神療法，是真實存在的。咒語是修行人修煉到一定程度時，所發出的特定聲音，這些聲音，以次聲波為多，對人體可以產生共振，共振效果好就可以達到治療效果。劇中出現的邊念咒語邊鍛煉身體以達到克服身體孱弱的目的，其實是一種原始的心理療法。

雖然蚯蚓雞糞治病、牛腹藏人等偏方土法不可取，但是劇中出現的一些中醫湯劑、滋補藥物很多是流傳至今的。比如在治療大病初愈的病人或者失血過多的病人之后，劇中都會出現比如人參、當歸、阿膠等滋補品，這些至今仍然作為養生的重要食物，烏雞人參湯的補氣養元功效、阿膠的補血功效都是可取的。《女醫明妃傳》掀起的“中醫熱”有利有弊，中醫專家認為觀眾在尊重歷史和弘揚中醫的角度上，實事求是，以辨證的目光看待問題，切勿輕易模仿。