20項問題主要包括：違規使用經費、違規招標、財務科目不規范、占用下屬單位車輛、出訪團數目超標、違規持股、違規出租房產獲利、超額發工資等。如違規使用經費方面，《情況》顯示，2014年，教育部本級未經批準，將專項經費110萬元用于所屬研究所工作經費支出。目前，教育部本級已調整有關賬目。

《情況》還通報部分教育部直屬高校存在違規挪用經費、會議超標、虛列支出等問題。北京青年報記者發現，北京大學存在的整改問題最多，包括2013年至2014年，挪用專項經費953.61萬元，用于支付下屬學院租用校內房產使用費，其中2014年62.24萬元；未經批準，將專項經費1217.09萬元用于基礎學科以外院系經費支出；同時，該校還存在個別部門、人員虛列支出的問題。整改情況顯示，目前北大已調整相關賬目并將相應資金歸還原渠道。

除北大外，被點名整改的高校還有清華大學、北京師范大學、中國政法大學、北京郵電大學。其中，清華大學5個會議超出批準人數，超標準列支會議費9.15萬元。為此，教育部已責成該校今后嚴格執行會議費管理規定，嚴控參會人數。

北京師范大學、中國政法大學、北京郵電大學等3所高校存在個別部門和人員虛列支出，將資金存放賬外的情況，目前均已將虛列支出歸還原渠道。此外，北京郵電大學還存在未經批準出租房產，收取租金的問題，目前教育部正按要求進行進一步核查。